會聚眾心 | 建立濾紙干血斑用于脊髓性肌萎縮癥基因篩查方法
發布日期:
2022-09-08

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會聚眾心 | 建立濾紙干血斑用于脊髓性肌萎縮癥基因篩查方法



導語

近日,來自北京大學第一醫院兒科楊艷玲教授、東莞市婦幼保健院產前診斷中心付有晴教授及深圳罕見病代謝組學精準醫學工程研究中心楊江濤教授等一系列專家采用深圳會眾生物自主研發的SMN1檢測試劑盒,建立了濾紙干血斑用于脊髓性肌萎縮癥基因篩查方法。該成果發表于罕少疾病雜志,探索發現濾紙干血斑可用于新生兒SMA篩查,為現有新生兒篩查體系下增加SMA篩查提供了技術基礎。





★?背景?


脊髓性肌萎縮癥(SMA)是一種常見的由脊髓前角細胞運動神經元退化變性所導致的常染色體隱性遺傳性神經肌肉疾病。已知95%以上的SMA患者為SMN1外顯子7純合缺失所致。


既往由于缺乏基因修正治療藥物,使得國內SMA新生兒篩查落后于發達國家,大量的SMA患兒被延誤診斷,未能得到有效治療,導致癱瘓兒童期死亡率高。隨著諾西那生鈉被正式納入醫保,大力推動了我國SMA新生兒篩查的開展。


能否采用濾紙干血斑標本進行基因組DNA提取并應用于SMN1基因檢測,是能否順利開展新生兒SMA基因篩查的必要前提?;谶@樣的背景下深圳會眾生物和多位臨床專家合作開展濾紙干血斑用于新生兒SMA篩查的可行性,以尋求適用于臨床大規模人群的SMA基因篩查方法。





★?研究內容?


該研究采集了來自不同醫院或研究中心共165例樣本,其中新生兒干血斑標本40份,不同保存時長的新生兒干血斑103份,新鮮采集的EDTA抗凝血5份,新鮮采集并經冷鏈運輸48~72h的EDTA抗凝血10份,-80℃超低溫冷凍保存1~2年的EDTA抗凝血7份??鼓獦吮具€需要進行干血斑的制備。


使用打孔鉗從干血斑標本采樣圈中打取不同面積的血片收集在1.5mL離心管中,采用會眾生物DNA提取試劑盒進行基因組DNA提取,然后采用會眾生物SMN1檢測試劑盒,通過多重PCR結合熒光探針技術,對SMN1外顯子7拷貝數進行檢測分析。


同時還進行新生兒干血斑標本保存穩定性測試,?選取4℃避光保存1個月、3個月、6個月、12個月和24個月的新生兒干血斑標本各20份,其中保存時長為1個月的組別中增加2份陽性標本(SMN1基因外顯子7雜合缺失型),保存時長為6個月的組別中增加1份陽性標本(SMN1基因外顯子7雜合缺失型)。每份標本分別使用打孔鉗打取最低起始用量的干血斑,提取基因組DNA,檢測SMN1,評價用于SMA基因檢測時新生兒干血斑標本冷藏保存的穩定性。





?研究結果?★



(1)不同面積干血斑樣本均能檢測SMN1基因,僅使用1片直徑4mm的干血斑所提取的基因組DNA純度(2.54~5.71ng/μL)即可滿足SMN1檢測要求(2~180ng/μL),與2片直徑為3 mm的干血斑相比,1片直徑為4 mm的干血斑也可穩定檢出SMN1基因型。


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(2)新生兒干血斑標本保存穩定性良好,對不同保存時長的新生兒干血斑標本打取1片直徑4 mm的干血斑,所提取的基因組DNA濃度與純度均滿足SMN1檢測要求,均可穩定檢出SMA基因型。


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(3)研究還發現運輸保存條件對檢測幾乎無影響,新鮮采集并經冷鏈運輸48~72h的EDTA抗凝血及-80℃超低溫冷凍保存1~2年的EDTA抗凝血所制備的干血斑標本,DNA濃度與純度均滿足SMN1檢測要求,可穩定檢出SMA基因型。


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★?結語?★


本研究建立了一種干血斑基因組DNA自動化提取方法,并根據臨床基因檢測項目的實際情況,模擬設計了各種檢測條件,包括干血斑最低起始用量、新生兒干血斑標本不同保存時長、EDTA抗凝血的不同運輸與保存條件等,提取各類干血斑樣本基因組DNA,并驗證SMN1檢測的準確性與穩定性。即1片直徑4mm的干血斑即可滿足SMN1檢測要求,大大降低了樣本采集、保存和運輸的難度和復雜程度,有利于開展大規模人群篩查,為現有新生兒篩查體系下增加SMA篩查提供了技術基礎。